Die naturwissenchaftlichen Sammlungen umfassen vor allem die Gesteine , die Mineralien und andere geologische Interessante aus der Umgebung von Nová Paka. Die Grunglage der Sammlungen bilden die Mineralien und die Fossilien. Die Sammlungen kann man in Mineralien- und Paleontologieteil teilen.

Mineraliensammlungen

Es handelt sich um die Minerale, die in der Umgebung von Nová Paka gefunden wurden. Unter diese Minerale überwiegen sog. Halbedelsteine – verschieden gefärbte Modifikationen des Quarzes. Das sind Achate, Jaspisse, Karneole, Rauchquarze, Bergkristall, Amethyste, usw.

Paleontologiesammlungen

Die Paleontologiesammlungen beherrschen die versteinerten permokarbonischen Hölzer, an die die hiesige Gegend sehr reich ist. Sehr häufig sind die Funde der Stämme oder der Stengel von baumförmigen Schachtelhalmen (Calamites), von baumförmigen Farnkräutern (Psaronius) und von Nadelbäumen (Dadoxylon). Selten werden die Stengel von den Farnkrautsamenpflanze (Medullosa) gefunden.

Die paläozoische Flora präsentieren vor allem die Fische (Palaeoniscus, Amblypterus), die Insektenreste (Blattina), die Koprolithe und die Spuren von Amphibien.

Aus anderen Epochen gibt es hier einige Funde von Meerflora und Fauna , weiter die Skelettsteile vom Mammut.